Peter Siegenthaler schloss 1973 seine Studien an der rechts- und wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität Bern als Ökonom ab. 1982 trat er in die Eidg. Finanzverwaltung ein und übernahm nach verschiedenen Funktionen und Positionen ab 2000 deren Leitung. Seine Hauptaufgabengebiete reichten von der Erarbeitung finanzpolitischer Strategien über die operative Führung des Bundesfinanzhaushalts und die Bundestresorerie bis hin zur Rechtssetzung im Bereich der Banken und Finanzmärkte sowie der Zusammenarbeit mit der Schweizerischen Nationalbank und dem Internationalen Währungsfonds (IWF).

Nebst zahlreichen Projekten von nationaler Bedeutung hat er auch die staatlichen Kriseninterventionen bei der Swissair und der UBS im Auftrag des Bundesrates operativ geleitet. Die Expertenkommission des Bundesrates zur Banken-Problematik "too-big-to-fail" präsidiert er bis zum Vorliegen des Schlussberichts.

Vom 1. Juli 2010 bis Ende 2011 amtete Peter Siegenthaler als Präsident des Verbands Schweizerischer Kantonalbanken und war in dieser Funktion mitverantwortlich für die strategische Ausrichtung und Positionierung der Kantonalbankengruppe.

Er ist zudem Mitglied des Verwaltungsrats der SBB, des Stiftungsrats der Pro Juventute und der Pro Helvetia sowie des Beirates der Konjunkturforschungsstelle der ETH Zürich (KOF). Ab Januar 2012 nimmt er Einsitz in die Verwaltungsräte des Inselspitals und der Spitalnetz AG Bern.

Peter Siegenthaler ist verheiratet und Vater zweier erwachsener Töchter.